museum-digital ist in seinen Ausspielungen (Instanzen des "Haupt-Frontends") regional strukturiert. Ausgehend von Sachsen-Anhalt wurden anfangs regionale Portale für die verschiedenen Regionen in Deutschland angelegt. Diese werden mittlerweile in einer automatisch erstellten deutschlandweiten Instanz zusammengeführt, bestehen aber weiterhin. Internationale Instanzen sind nach Ländern strukturiert.
Eine Besonderheit in dieser Struktur bilden die öffentlichen Zusatz-Werkzeuge, der Themator und md:term.
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Cherkasy Oblast Chernihiv Oblast Ivano-Frankivsk Oblast Kyiv Kyiv Oblast Lviv Oblast Odesa Oblast Poltava Oblast Rivne Oblast Sumy Oblast Vinnytsia Oblast Volyn Oblast Zaporizhzhia Oblast 
Museen erfassen und veröffentlichen ihre Sammlungen bei museum-digital primär in einer der oben gelisteten regionalen Instanzen. Die veröffentlichten Daten werden in der Folge mit dem Synchronisierungstool GroupIt in übergeordnete, aggregierte Instanzen synchronisiert. Die primären aggregierten Instanzen sind dabei die jeweilige nationale und die globale Instanz. Gleichzeitig können so aber auch thematische Portale auf Basis der Synchronisation einzelner Sammlungen, Objektgruppen oder Institutionen erstellt werden.
Der Themator ist ein Werkzeug, entwickelt um Museen und anderen Interessierten eine einfache und flexible Möglichkeit zur Erstellung digitaler Ausstellungen, Lehrmaterialien etc. zu geben. Da der Themator weitestgehend monolingual ist, existieren aktuell zwei verschiedene Instanzen:
Von Anfang an benutzt museum-digital kontrollierte Vokabulare, um ein gemeinsames Tagging und Verknüpfen von Objektdatensätzen zu ermöglichen. Da unsere so erstellten kontrollierten Vokabulare (die mit anderen Normdatenrepositorien wie Wikidata und der GND, dem AAT, geonames, LCSH, BNF, ... verknüpft sind) eine nutzbringende Ergänzung auch für andere sein können, haben wir md:term als öffentlichen Lese-Zugang zu den kontrollierten Vokabularen entwickelt. Neben dem "menschenlesbaren" Vokabularbrowser bietet md:term JSON- und SKOS-Schnittstellen, um auch eine maschinelle Nutzung der Daten einfach zu ermöglichen.
Abgesehen von den museum-digital eigenen Vokabularen sind unter md:term auch einige externe, im Museumsbereich häufig verwendete Vokabularien zugänglich gemacht, so z.B. die Hessische Systematik oder die Hornbostel-Sachs-Klassifikation, zu finden.
